七七事變以后，烽火連天，交通阻斷，郵路不通，達仁堂總管處收不到各地分號的匯款和號訊，各地分號的貨源不能及時得到補充，生產(chǎn)和經(jīng)營均難以為繼，只能維持一天是一天。總管理處得不到各分號的信息，各分號也得不到總管理處的信息，想通過廣播電臺了解一下對方的情況，卻又聽不到，因為當(dāng)局明令禁止使用兩個電子管以上的收音機。達仁堂馬家口店與達仁堂藥廠雖然同在一城，相距不遠，若要聯(lián)系，也不容易。那時候丸藥不像現(xiàn)在，有小盒、中盒包裝，大多數(shù)品種的丸藥那時候用秤稱著賣。達仁堂每天要派人用蒲包或瓷壇裝盛藥丸，給濱江道上的馬家口店上貨。從1938年12月19日起，日偽當(dāng)局封鎖英法租界，濱江道地屬法租界，沒有通行證根本進不去。就這樣，達仁堂的生意日漸萎縮，各個分號越來越冷清。
日偽當(dāng)局為搜刮掠奪重要戰(zhàn)略物資，成立了許多個物資“統(tǒng)制”組織。其中有一個“生藥協(xié)會”，專門負(fù)責(zé)藥材的統(tǒng)購統(tǒng)銷，遇有日本稀缺藥材，則輸往日本，其他一些藥材，如遠志、麻黃、甘草等，則加價賣給中國廠商。達仁堂明知吃虧，也不得不參加“協(xié)會”，不得不掏冤枉錢購買質(zhì)次價高的藥材，因為不入“協(xié)會”，就甭想買到這些藥材。
太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日偽當(dāng)局進一步加緊對天津的經(jīng)濟封鎖，天津港進出口貨物全部被日本人扣留，進出天津的主要道路設(shè)卡檢查，禁止糧、棉、煤、金屬、電訊器材和醫(yī)藥品出市。達仁堂只好靠一些跑單幫的販子，冒著危險把藥帶出去。在鐵蹄下經(jīng)商，簡直跟做賊一樣。
1940年8月，天津偽財政局下令征收藥業(yè)牙紀(jì)稅。在淪陷的八年里，日偽當(dāng)局在天津設(shè)立了二十多種苛捐雜稅，盡極搜刮榨取之能事，而賦斂之毒，莫此為甚。藥業(yè)牙紀(jì)稅規(guī)定，藥材不論出口、進口，買賣不論成交、沒成交，只要貨物移動位置，即須納稅。此稅油水甚大，剛一頒行，大小稅吏一改舊習(xí)，雷厲風(fēng)行，設(shè)卡撈錢。達仁堂和同業(yè)各號，不堪其擾，群起反對，請愿罷市，據(jù)理力爭。結(jié)果，牙稅取消了，但是全市藥業(yè)每年要向偽財政局納稅八萬元——背著抱著一般沉。
天津淪陷以后，東北藥商蜂擁進關(guān)，賣出買進，很有一些大手筆。天津交通比河北安國便利得多，有些東北商人到了天津就不再南下，安國通濟元等大行棧見天津商機多，也都陸續(xù)北上進津，素與祁州廟會有業(yè)務(wù)聯(lián)系的藥材十三幫也隨之紛紛向天津轉(zhuǎn)移，于是上世紀(jì)40年代初，天津形成全國最大的中藥市場之一。當(dāng)時天津經(jīng)濟衰退，許多行業(yè)很不景氣，現(xiàn)在既已形成中藥市場，所以不少業(yè)外人士也向中藥業(yè)投資。這一期間，天津的中藥鋪、行棧、刀房、膏藥房等數(shù)量猛增，但是懂行者少，投機者眾，市場容量有限，不可能家家有錢可賺。正因如此，天津的中藥市場在日偽時期，投機倒把、囤積居奇、摻雜使假、粗制濫造，曾瘋狂于一時。例如，本來是普通的牛黃清心丸，在一些藥鋪則美其名曰“加料牛黃清心丸”，好像是比別人多加了牛黃之類的細料似的，其實并沒有。更有一些不肖之徒，把根本就沒加牛黃的清心丸，稱為“雙加料牛黃清心丸”，以此蒙騙顧客。市場上還出現(xiàn)了一種叫做“萬病丸”的成藥，說是能治百病，其實僅能消食健胃而已。“丸散膏丹，神仙難辨”。不肖之徒正是抓住了中藥的這個特點，肆無忌憚地坑人騙人。達仁堂不屑與這些人為伍，仍舊墨守陳規(guī)，嚴(yán)格自律，但在喧囂的天津市場，生意則相形見絀了。
1942年，日偽當(dāng)局成立“藥業(yè)組合”，向天津傾銷西藥、洋當(dāng)歸洋川芎等洋藥材，和日本的成方藥——人丹、中將湯等，達仁堂等天津老字號中藥鋪的生意就更加難做了。
七七事變以后，達仁堂十八個分號，除天津、北京、上海、長春四地分號外，均無利潤，于是不得不陸續(xù)關(guān)閉了香港、開封、青島、太谷等分號，達仁堂從此跌入低谷。
